Głównym czynnikiem wykluczającym psychoterapię jest brak motywacji pacjenta. Jeśli nie będzie on wykazywał postawy współpracy, chęci wzięcia odpowiedzialności za proces, wykonywania wysiłku związanego z procesem, psychoterapia nie będzie możliwa.

Trudno też stosować psychoterapię w przypadku osób z chorobami psychotycznymi, wtedy stosuje się bardziej wsparcie niż głęboką psychoterapię.

Jest on także trudna w przypadku osób o znacznych ograniczeniach intelektualnych, uzależnionych, ze zmianami organicznymi. W przypadku uzależnienia do podjęcia psychoterapii potrzebna jest minimum roczna przerwa od zakończenia terapii leczenia uzależnień.